公司设股东会、董事会、监事会和经营班子。股东会由全体股东（宣城市宣州区人民政府、宣城市宣州区国有资产运营有限公司、安徽省信用担保集团有限公司、宣城市中小企业融资担保有限责任公司）组成，是公司的最高权力机构。董事会作为公司的日常决策机构向股东会负责，董事会由5人组成，其中的4名非职工代表董事由宣州区国资委推荐3名人选，安徽省信用担保集团有限公司推荐1名人选，经股东会选举产生；1名职工代表董事由公司职工大会民主选举产生。监事会由3人组成，由股东会选举一人，另二人由公司职工大会选举产生。公司设总经理一名，副总经理三名，财务总监一名。
公司实行董事会领导下的总经理负责制，内设7个部门，分别为综合管理部、担保业务部、财务部、办公室、法律事务部、党群工作部和审计部。